智林法師有見及鄉童失學問題，所以於1952年，淨院開辦第一間慈航義學，而校舍是由胡文虎先生及胡文豹先生捐助興建的。

1982年，淨院成功申請到由政府興建的新校舍在沙田圓洲角後，就把義學遷進新址。2002年，淨院決定將原先的義學物業贈與佛教慈濟基金會香港分會作為社會慈善用途。

本校於2003年9月轉為全日制小學，為學生提供均衡課程和多元化學習活動。